Em 1988, Lynn Margulis e Karalene Schwartz, propõem um sistema de classificação em Super-Reinos ou Domínios, baseado em dados de ultra-estrutura microscópica das células e respectivos organelos citoplasmáticos e que reflectem as suas ideias sobre a teoria endossimbiótica para a origem das células eucarióticas. As duas investigadoras defendem a existência de dois domínios:
Prokarya – inclui todos os procariontes que pertencem a um só reino Bactéria (Monera) que se subdivide em dois sub-Reinos Archaeobacteria e Eubacteria
Eukarya – inclui todos os eucariontes e divide-se em quatro reinos: Protoctista, Animalia, Fungi e Plantae.
Em 1990, Carl Woese, Otto Kandler e Mark Wheellis, propõem um novo sistema de classificação, baseado em comparações de sequências nucleotídicas de RNA ribossómico (RNAr) com que construíram uma árvore filogenética. Destas análises comparativas e filogenéticas concluem que os seres vivos devem ser divididos em três domínios:
Archaea – procariontes que vivem em condições ambientais extremas
Eubacteria – procariontes mais comuns na natureza
Eukarya – inclui todos os eucariontes
e que:
há um ancestral comum a todos os seres vivos procariontes e eucariontes
os Eukarya e os Archaeobacteria partilham um ancestral comum mais próximo do que os Archaea com os Eubacteria, donde se conclui que o Reino Monera não é um reino monifilético (não reúne todos os descendentes de um determinado ancestral)
Em 1998, Thomas Cavalier-Smith apresenta novo sistema de classificação com base em dados filogenéticos, que é revisto pelo próprio em 2003 (ver artigo original em http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf), que inclui dois domínios Prokaryota e Eukaryota e 6 reinos:
Prokaryota – Reino Bactéria
Eukaryota – Reinos Protozoa, Animalia, Fungi, Plantae e Chromista
Os organismos pertencentes ao reino Chromista são na sua maioria fotossintéticos, e distinguem-se dos organismos do reino Plantae por terem os cloroplastos localizados no lúmen do reticulo endoplasmático rugoso em vez de se localizarem no citosol.