De acordo com o Estatuto da Ebserh, aprovado pela Assembleia Geral Extraordinária realizada em 29 de junho de 2018:
Art. 61. O Conselho Fiscal será composto de 3 (três) membros efetivos e respectivos suplentes eleitos pela Assembleia Geral, sendo:
I – 1 (um) membro indicado pelo Ministro de Estado da Educação;
II – 1 (um) membro indicado pelo Ministro de Estado da Saúde; e
III – 1 (um) membro indicado pelo Ministro de Estado da Fazenda, como representantes do Tesouro Nacional.
§ 1°. Na primeira reunião após a eleição, os membros do Conselho Fiscal escolherão o seu Presidente, ao qual caberá dar cumprimento às deliberações do órgão, com registro no livro de atas e pareceres do Conselho Fiscal.