POP e IMAP são os dois protocolos de recepção de correio eletrônico mais utilizados, que suportam a maioria dos servidores de correio eletrônico e programas clientes como Outlook Express ou Mozilla Thunderbird. Também podemos nos referir a eles com seus números de versão POP3 e IMAP4.
Existem várias diferenças, porém digamos que IMAP é mais inovador e permite mais funcionalidades.
A diferença fundamental é que, quando nos conectamos por POP, se baixam todas as mensagens ao computador do cliente e com IMAP não se baixam todas as mensagens e sim somente as que o cliente solicitar. Ademais, o normal quando se acessa a um correio com POP é que as mensagens se apaguem do servidor segundo se baixam, enquanto que por IMAP ao visualizar uma mensagem não se apaga do servidor, a não ser que se elimine explicitamente.
Fonte: http://www.criarweb.com/faq/diferencas-pop-imap.html
"O IMAP é uma melhoria em relação a um protocolo de entrega final mais antigo, o POP3 (Post Office Protocol, version 3), que é especificado na RFC 1939."
WETHERALL, J.; TANENBAUM, A. S. Redes de Computadores. 5ª edição. Rio de Janeiro: Editora Campus, v. 5, p. 405, 2011.