Teoria da menstruação retrógrada, do transporte ou da implantação: o tecido endometrial presente na menstruação será responsável pela endometriose.
Teoria da disfunção imunológica: aceita a teoria da menstruação retrógrada e acrescenta que distúrbios imunológicos associados são causa da doença.
Teoria Mülleriana: os genes HOX determinam, nos órgãos reprodutivos, o desenvolvimento dos tecidos, e falha neles ocasionariam endométrio em outras regiões que não o útero.
Teoria do Remanescente embrionário: as células de origem mülleriana acabaram se precipitando na cavidade peritoneal e desenvolveu tecido endometrial.
Teoria das células-tronco: células germinativas localizadas na pelve, mas fora do útero são as responsáveis.
Teoria da disseminação linfática e vascular: não se sabe como, mas é possível que haja tecido endometrial até mesmo nos olhos, e por isso, há a teoria da sua disseminação linfática e vascular.
Teoria da metaplasia celômica: prevê que o material genético em uma célula ou em um grupo de células (tecido) se expressa de forma diferente, fazendo com que o tecido se transforme em endometriose.
Fatores genéticos: nenhum gene individual é responsável pela endometriose e o padrão de herança é complexo. Mas a doença é sempre muito presente a depender da família.
Toxinas ambientais: nessa teoria entra a epigenética. Por isso, haveria a passagem para descendentes.