Reter a chave na árvore e marcá-la, de alguma maneira,como representando um registro eliminado é a forma mais simples para eliminar um registro.
Isso pode ser feito definido-se um ponteiro para o registro correpondente à chave como null ou alocando um campo de sinalizador extra para cada chave, a fim de indicar se ela foi eliminada ou não. Evidentemente, o espaço ocupado pelo próprio registro pode ser recuperado. Dessa forma, a chave permanece na árvore como uma diretriz para as subárvores, mas não representa um registro dentro do arquivo.