BitLocker - solução de criptografia de discos completos que criptografa um volume inteiro. Ao configurar, você estará criptografando uma partição inteira - como a partição do sistema Windows, outra partição em uma unidade interna ou até mesmo uma partição em uma unidade flash USB ou outra mídia externa.
EFS - o “sistema de arquivos criptografados” - funciona de forma diferente. Em vez de criptografar toda a sua unidade, você usa o EFS para criptografar arquivos e diretórios individuais, um por um. Onde o BitLocker é um sistema “configure e esqueça”, o EFS requer que você selecione manualmente os arquivos que deseja criptografar e altere essa configuração.