Microssatélites são regiões do DNA com repetições sequenciais de 1 a 5 pares de bases. Essas regiões exibem codominância
e a segregação é mendeliana. Assim é possível separar os fenótipos resultantes do homozigoto e do heterozigoto.
Os microssatélites são marcadores co-dominantes e altamente polimórficos. As grandes desvantagens ao utilizar estes marcadores são o alto consumo de tempo e dinheiro para
encontrar regiões de repetições nucleotídicas in tandem no genoma e desenvolver novos primers que flanqueiem estes loci.