As funções das contas são identificadas pelo maior nível de agregação dos diversos grupos de despesas que compõem o setor público.
A classificação funcional, por funções e subfunções, busca responder basicamente à indagação “em que” área de ação governamental a despesa será realizada.
A classificação funcional é representada por cinco dígitos. Os dois primeiros referem-se à função, enquanto que os três últimos dígitos representam a subfunção, que podem ser traduzidos como agregadores das diversas áreas de atuação do setor público, nas esferas legislativa, executiva e judiciária.
Não integram o Plano Plurianual os programas destinados exclusivamente a operações especiais. A subfunção representa um nível de agregação imediatamente inferior à função e deve evidenciar cada área da atuação governamental, por intermédio da agregação de determinado subconjunto de despesas e identificação da natureza básica das ações que se aglutinam em torno das funções. As subfunções podem ser combinadas com funções diferentes daquelas às quais estão relacionadas na Portaria 42/99.
As ações devem estar sempre conectadas às subfunções que representam sua área específica. Existe possibilidade de matricialidade na conexão entre função e subfunção, ou seja, combinar qualquer função com qualquer subfunção, mas não na relação entre ação e subfunção.