Pela literariedade do artigo 16 a alternativa correta é a letra C.
Art. 16. O sistema federal de ensino compreende:
I - as instituições de ensino mantidas pela União;
II - as instituições de educação superior criadas e mantidas pela iniciativa privada;
III - os órgãos federais de educação.
Porém há um parecer do CNE que menciona que os colégios de aplicação das universidades federais pertencem ao sistema federal de Ensino. CF: Parecer CNE/CEB 26/2002