O Desfragmentador de Disco do Windows ou simplesmente Desfragmentador de Disco é um aplicativo incluído no Windows que visa melhorar a velocidade com que o computador lê as partições de arquivos fragmentados. Como o nome já diz, ele procura em todo o disco rígido por arquivos que estão fragmentados (em pedaços) e os "une" novamente tornando a leitura dos mesmos mais fácil e rápida.
A fragmentação ocorre quando arquivos do disco rígido não são periodicamente modificados, fazendo com que eles sejam armazenados "em pedaços" (fragmentos) e fazendo com que a leitura e gravação dos mesmos seja muito mais lenta do que se ele estivesse armazenado em um único "pedaço.
A Desfragmentação é recomendada, geralmente, para discos rígidos, (unidades que possuem discos giratórios) visto que ao acessar partes dispersadas de um arquivo consome muito tempo com a movimentação do cabeçote de leitura (chamamos esse tempo de espera de "delay"). Já em unidades de memória flash, a desfragmentação não é necessária.
Em casos de unidades SSD, a desfragmentação é desaconselhada, por 2 motivos básicos:
1- Em unidades de memória física, não há um "delay" considerável quando um arquivo está fragmentado.
2- Unidades SSD possuem limitações de ciclos de vida de gravações, isso é: cada setor de um SSD tem em média, 5000 ciclos de gravação. Acima disso, este setor começa a ter dificuldades de gravação. A desfragmentação em SSD (ou memórias flash, em geral) é amplamente desaconselhada, pois acelera a redução dos ciclos de vida de cada setor.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Desfragmentador_de_Disco_do_Windows