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A subunidade ribossomal menor primeiro liga-se ao sitio de ligação complementar ao ribossomo (chamado de sequência de Shine-Dalgarno) no mRNA.
Fonte: Sadava, Heller, Orians, Purves e Hills. A ciência da biologia - Vida. pg. 268.
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A subunidade menor, com o RNAt iniciador já ligado, liga-se ao quepe 5' da molécula de RNAm e, então, se desloca, ou escaneia, na direção downstream do RNAm até identificar um códon de início; o RNA iniciador forma, então, ligações de hidrogênio com o códon de início AUG.
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Em eucariotos, não é a Sequência de Shine Dalgaro que identifica o 5' AUG iniciador, mas sim um processo de rastreamento (descrito, inclusive pela Thaís Vasconcelos)
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A sequência Shine-Delgarno não acontece em células eucarióticas pois elas tem o quepe 5' para indicar a sequência AUG iniciadora da tradução. Os RNAm das bactérias (Procariotos) não tem o quepe 5’ para instruir o ribossomo onde está a sequencia de inicio da tradução, então, utilizam a sequencia Shine-Delgarno para se ligar ao ribossomo, que fica em um sítio especifico localizado á alguns nucleotídeos antes (a 5’) do códon de iniciação AUG.