Há cinco instrumentos por meio dos quais se realiza a fiscalização:
a) levantamento: instrumento utilizado para conhecer a organização e funcionamento de órgão ou entidade pública, de sistema, programa, projeto ou atividade governamental, identificar objetos e instrumentos de fiscalização e avaliar a viabilidade da sua realização;
b) auditoria: por meio desse instrumento verifica-se in loco a legalidade e a legitimidade dos atos de gestão, quanto aos aspectos contábil, financeiro, orçamentário e patrimonial, assim como o desempenho operacional e os resultados alcançados de órgãos, entidades, programas e projetos governamentais;
c) inspeção: serve para a obtenção de informações não disponíveis no Tribunal, ou para esclarecer dúvidas; também é utilizada para apurar fatos trazidos ao conhecimento do Tribunal por meio de denúncias ou representações;
d) acompanhamento: destina-se a monitorar e a avaliar a gestão de órgão, entidade ou programa governamental por período de tempo predeterminado;
e) monitoramento: é utilizado para aferir o cumprimento das deliberações do Tribunal e dos resultados delas advindos.