Após a aplicação tópica de flúor em consultório, é altamente recomendável que o paciente fique, ao menos, 30 minutos sem comer ou tomar nada para que o flúor seja efetivamente incorporado à estrutura dentária. No Guia de Fluoretos se refere apenas ao gel de flúor-fosfato acidulato 1,23% (não refere à solução de flúor) as recomendações de não beber água ou comer por até 30 minutos após a aplicação, embora não haja evidência da sua relevância anticárie
A aplicação tópica de flúor gel pode ser realizada por apenas 1 minuto, pois não há evidências de que tempos superiores de aplicação sejam mais eficientes. Há a recomendação, de tempo de aplicação de quatro minutos, embora não haja evidência da sua relevância anticárie
Não há base científica para a necessidade de profilaxia prévia à aplicação de flúor em gel, somente para a aplicação de verniz fluoretado. Para a aplicação de flúor em gel, podem ser usados em moldeiras ou através de escovação sem necessidade de profilaxia prévia. Embora a necessidade de profilaxia prévia para a aplicação parece não ser relevante, essa deve ser considerada para grupos de alto risco de cárie, possibilitando a formação de reservatórios de F na superfície dental, e não só na placa dental. Para o verniz, é necessária a limpeza prévia dos dentes, por meio da escovação, posterior secagem, isolamento relativo (CENTERS FOR DISEASE CONTROL AND PREVENTION, 2001)
Estudos clínicos têm demonstrado que a aplicação de flúor em consultório a cada 3 meses resulta em maior benefício anticárie. Para verniz recomendam-se, no mínimo, duas aplicações anuais para pacientes com indicação. Em âmbito de programas de saúde pública/coletiva, recomendam-se de duas a quatro aplicações anuais. Para géis Como método populacional, recomenda-se aplicação semestral ou quadrimestra (2 ou 3 vezes no ano)