Existem dois tipos de transplante de medula óssea: alogênico e autólogo.
Transplante alogênico
é aquele no qual as células precursoras da medula provêm de outro indivíduo (doador), de acordo com o nível de compatibilidade do material sanguíneo. A primeira opção é sempre pela medula de um irmão, também verifica-se a compatibilidade com a mãe e o pai.
Se não há um doador aparentado com boa compatibilidade, procura-se um não aparentado compatível. Este tipo de transplante também pode ser feito a partir de células precursoras de medula óssea obtidas do sangue de um cordão umbilical.
Transplante autólogo
é aquele no qual as células precursoras da medula óssea provêm do próprio indivíduo transplantado (receptor).
As células da medula ou do sangue periférico do próprio paciente são coletadas e congeladas para uso posterior.
Esse tipo de transplante é usado basicamente para doenças que não afetam a qualidade da medula óssea, ou seja, aquelas que não têm origem diretamente na medula ou quando a doença já diminuiu a ponto de não ser mais detectada na medula (estado de remissão).