1) Espécies indicadoras da saúde do ambiente - usadas para acessar efeitos de poluentes ou processos do ecossistema e condições ambientais físicas em organismos. Pode ser uma única espécie ou uma guilda.
Normalmente são invertebrados como, por exemplo, os filtradores, que acumulam poluentes em determinados tecidos.
2) Espécies indicadoras de populações - indicam padrões de outras espécies, como presas, que são submetidas a distúrbios humanos ou variações ambientais. Usadas também para indicar se um determinado habitat é apropriado para outros membros da mesma guilda. Por exemplo, variações na mortalidade de jovens aves marinhas são indicadas para avaliar a variação dependente de temperatura na distribuição de peixes porque não conseguem nadar fundo o suficiente para encontrar peixes em águas muito frias.
3) Espécies indicadoras de biodiversidade - a riqueza dentro de um taxa pode ser usada para estimar a riqueza (biodiversidade) de outros taxa mais difíceis de se medir, e por conseqüência, de uma região. Por exemplo, a diversidade de um tipo de besouro pode prever a de aves e borboletas em escalas bem grandes.
4) Espécies “guarda-chuva” - usada para especificar o tamanho e tipo de habitat a ser protegido, a fim de acolher outras espécies. Espécies migratórias são particularmente efetivas.
5) Espécies bandeira - carismática para o público, usada como propaganda para proteger determinada área, que protegerá outras espécies menos conhecidas e/ou carismáticas e seus habitats. Exemplos clássicos são o urso panda e o mico leão dourado.
Fonte: https://www.biologo.com.br/ecologia/ecologia3.htm