Destaque-se que o DREI é um órgão federal, enquanto as Juntas Comerciais são órgãos estaduais.
A Junta Comercial possui a seguinte subordinação:
- técnica - subordinada ao DREI.
- administrativa - subordinada ao respectivo Estado.
Quando se envolver questão técnica, o Mandado de Segurança contra o Presidente da Junta Comercial deverá ser processado perante a Justiça Federal (REsp 199.793/RS)7
LEI 8934/94 (alterada pela Lei 13.833/19)
Art. 3º Os serviços do Registro Público de Empresas Mercantis e Atividades Afins serão exercidos, em todo o território nacional, de maneira uniforme, harmônica e interdependente, pelo Sistema Nacional de Registro de Empresas Mercantis (Sinrem), composto pelos seguintes órgãos:
I - o Departamento Nacional de Registro Empresarial e Integração, órgão central do Sinrem, com as seguintes funções:
a) supervisora, orientadora, coordenadora e normativa, na área técnica; e
b) supletiva, na área administrativa; e
II - as Juntas Comerciais, como órgãos locais, com funções executora e administradora dos serviços de registro.