Realmente não creio que seja obrigatória a participação do MP em casos de desistência. Mas aí estamos diante de uma interpretação doutrinária. A lei diz que o MP ASSUMIRÁ, logo, pela lei, não é ato de conveniênicia.
Para a doutrina não há que se falar em obrigatoriedade:
O legislador, porém, optou por fórmula diversa, empregando no dispositivo o verbo assumir no tempo verbal futuro do presente - "assumirá" - indicativo de que da norma estava emanando determinação de caráter cogente a seu destinatário. Em outras palavras, ter-se-ia que interpretar a norma em ordem a considerar que a desistência da associação legitimada para a ação civil pública provocaria o efeito de ter o órgão do Ministério Público a obrigação de substituí-la no pólo ativo da relação processual. Estaria, portanto, o órgão ministerial sob a égide da obrigatoriedade de atuar, e não da facultatividade.
Não obstante o teor do dispositivo, porém, alguns estudiosos já consideravam que o tempo verbal empregado na norma não indicaria qualquer fator de obrigatoriedade, mesmo porque seria absurdo que o Ministério Público não fosse obrigado a propor a ação, mas o fosse para assumir a titularidade ativa no caso de desistência da associação autora. Por outro lado, o tempo verbal utilizado no dispositivo seria idêntico ao que se contém no art. 81, do Cód. Proc. Civil, pelo qual o Ministério Público "exercerá" a ação civil. A despeito do vocábulo, nunca se entendeu que o órgão ministerial tivesse a obrigatoriedade de exercê-la sem os elementos suficientes para esse fim.
...
Ora, com a constitucionalização do princípio da independência funcional, não se teria diante da norma mais que duas alternativas: ou, de um lado, teria sido o dispositivo recepcionado pela Constituição com a interpretação de que constitui faculdade do Ministério Público assumir a titularidade ativa; ou, de outro, se se entender obrigatória a atuação, ter-se-á que admitir que a norma não logrou abrigo na nova ordem constitucional, a qual, em face da contrariedade normativa, a terá revogado.
CARVALHO FILHO, José dos Santos. Ação civil pública : comentários por artigo. Rio de Janeiro : Freitas Bastos, 1995. 460 p. Cap. 9: Desistência ou abandono da ação, p. 107-116.
http://www.prr5.mpf.gov.br/nid/0nid0339.htm
Também acreditei que o erro estava no "a critério do promotor".
nesse artigo de Hgo Mazzili, ele defende que não há nem obrigatoriedade do mp assumir a ação, e até de que este pode desistir da acp, mas pelo que li é uma tese minoritária:
"Assumir ou não a promoção da ação civil pública trata-se, claramente, de faculdade e não de imposição legal, faculdade esta que também se aplica ao Ministério Público, com a só particularidade de que este último deverá nortear-se pelos mesmos
critérios seja para propor seja para decidir-se sobre as hipóteses de quando prosseguir na
ação objeto de abandono ou desistência."
http://mazzilli.com.br/pages/artigos/acoescolet.pdf
Já aqui encontrei o que parece ser a majoritária:
"
O § 3º do art. 5º da Lei 7.347/85 determina que em caso de desistência infundada ou abandono da ação por associação legitimada, o Ministério Público ou outro legitimado assumirá a titularidade ativa. Os Professores Nelson Nery Junior e Rosa Maria de Andrade Nery ensinam que, "a desistência da ação deverá vir acompanhada de fundamentação pelo autor da ACP. Caberá ao MP verificar se é fundada ou não. A desistência pura e simples não obrigará o MP a assumir o pólo ativo da ACP, mas apenas a desistência infundada (...) Verificando que houve desistência infundada ou abandono injustificado da ação, o MP tem o poder-dever vinculado de assumir a titularidade ativa da ACP (...) não se trata de ato discricionário do MP, cabendo-lhe integrar os conceitos jurídicos indeterminados de "infundada" para a desistência e de "injustificado" para o abandono." http://jus.com.br/artigos/11740/acao-civil-publica/3