Os navios brasileiros, no entanto, mesmo os de propulsão mista, eram adequados para operar no mar e não nas condições de águas restritas e pouco profundas que o teatro de operações nos Rios Paraná e Paraguai exigia; a possibilidade de encalhar era um perigo sempre presente. Além disso, esses navios, com casco de madeira, eram muito vulneráveis à artilharia de terra, posicionada nas margens. Era uma época de freqüentes inovações tecnológicas no hemisfério norte e a Guerra Civil Americana trouxera muitas novidades para a guerra naval e, especificamente, para o combate nos rios. Sua influência, logo depois dessa primeira fase de navios de madeira, na Guerra da Tríplice Aliança fez-se sentir, principalmente, com o aparecimento dos navios protegidos por couraça de ferro, projetados para a guerra fluvial, e a mina naval.
Todos os navios da Esquadra paraguaia, exceto um, eram navios de madeira, mistos, a vela e a vapor, com propulsão por rodas de pás. Embora todos eles fossem adequados para navegar nos rios, somente o Taquary era um verdadeiro navio de guerra; os outros, apesar de convertidos, não foram projetados para tal. Os paraguaios desenvolveram a chata com canhão como arma de guerra. Era um barco de fundo chato, sem propulsão, com canhão de seis polegadas de calibre, que era rebocado até o local de utilização, onde ficava fundeado. Transportava apenas a guarnição do canhão e sua borda ficava próximo da água, deixando à vista um reduzidíssimo alvo. Via-se somente a boca do canhão acima da superfície da água.