Não concordo que os documentos devem ser higienizados apenas no recolhimento para a guarda permanente.
A resolução CONARQ n. 2 diz:
Art. 1º Os acervos documentais a serem transferidos ou recolhidos às instituições arquivísticas públicas, pelos órgãos e entidades do Poder Público, deverão estar organizados, avaliados, higienizados, acondicionados e acompanhados de instrumento descritivo que permita sua identificação e controle.
Além disso, a resolução CONARQ n. 24, que estabelece diretrizes para a transferência e recolhimento de documentos arquivísticos digitais para instituições arquivísticas públicas, não cita em momento algum que os documentos digitais precisam estar higienizados no momento da transferência ou recolhimento.
Na minha opinião foi o "todo" que complicou a questão.
Também acho que não tem porque ficar higienizando documentação desnecessariamente. As vezes o conjunto documental não precisa de limpeza naquele momento.
A higienização exagerada pode provocar desgaste nos documentos.