A quantidade de linfócitos abaixo dos valores de referência recebe o nome de linfopenia e normalmente é relacionada com situações envolvendo a medula óssea, como anemia aplástica ou leucemia, por exemplo. Além disso, a linfopenia também pode ser sinal de doenças auto-imunes, em que o próprio organismo atua contra o sistema imunológico de defesa, como o lúpus eritematoso sistêmico, por exemplo (LES).
A linfopenia ainda pode acontecer devido à AIDS, terapia com drogas imunossupressoras ou tratamento quimioterápico ou radioterápico, doenças genéticas raras, ou ser consequência de situações de estresse, como pós-operatório e sobrecarga corporal, por exemplo.