As missões eram povoados indígenas criados e administrados por padres jesuítas no Brasil Colônia, entre os séculos 16 e 18. O principal objetivo era catequizar os índios. A catequização, no entanto, tinha efeitos colaterais que não interessavam aos conquistadores portugueses. Para que adotasse a fé cristã, a população indígena tinha de ser instruída e ganhava conhecimentos de leitura e escrita. Além disso, os índios reunidos nesses aldeamentos não eram escravizados, como geralmente ocorria em outros lugares. Eles viviam do cultivo da terra, se valendo de técnicas agrícolas ensinadas pelos religiosos.
Com o tempo, muitas missões prosperaram e acabaram virando uma ameaça à centralização de poder pretendida pela Coroa. Resultado: em 1759, os jesuítas foram expulsos do Brasil, acusados de controlar um "Estado dentro do Estado" e de insuflar os guaranis contra o domínio português.
Fonte: https://novaescola.org.br/conteudo/2447/para-que-serviam-as-missoes-jesuiticas