O modelo sequencial linear é o mais antigo e é o paradigma para engenharia de software mais amplamente usado. Porém, algumas vezes em que esse modelo é aplicado, alguns problemas são encontrados:
1- Projetos reais raramente seguem o fluxo sequencial que o modelo propõe. Fazer modificações podem causar confusão à medida que a equipe de projeto prosegue.
2- É difícil para o cliente estabelecer todos os requisitos explicitamente e o modelo sequencial linear exige isso, além de ter dificuldade em acomodar a incerteza natural que existe no começo de vários projetos.
3- Nenhuma versão executável do programa fica disponível até o projeto terminar. O que é desvantajoso quando, por exemplo, um erro que seria simples, por ser detectado só no final, pode ter causado alguns desastres no programa.