Algumas das desvantagens da implementação de um ERP em uma empresa são:
--> Praticamente, na maioria dos casos os gerentes e profissionais de TI dessas companhias subestimam a complexidade do planejamento, desenvolvimento e treinamento necessário para utilizar o novo sistema ERP, que altera radicalmente os processos empresariais e sistemas de informação nos negócios.
--> A utilização do ERP por si só não torna uma empresa verdadeiramente integrada;
--> Altos custos que muitas vezes não comprovam a relação custo/benefício;
--> Dependência do fornecedor do pacote;
--> Adoção de melhores práticas aumenta o grau de imitação e padronização entre as empresas de um segmento;
--> Torna os módulos dependentes uns dos outros, pois cada departamento depende das informações do módulo anterior, por exemplo. Logo, as informações têm que ser constantemente atualizadas, uma vez que as informações são em tempo real, ocasionando maior trabalho;
--> Inserção de dados não confiáveis, quando é necessário o input pelo usuário;
--> Dificuldade de repasse da cultura Organizacional aos funcionários;
--> O seu fornecedor pode descontinuar a sua versão de ERP sem aviso prévio;
Fonte : O'Brien, James A (2004). Sistemas de Informação e as decisões gerenciais na era da Internet 2 ed. São Paulo: Saraiva