Assim, de acordo com a jurisprudência do STJ, havendo incorporação ao patrimônio municipal será competente a Justiça Estadual, consoante teor da Súmula 209: Compete à Justiça Estadual processar e julgar prefeito por desvio de verba transferida e incorporada ao patrimônio municipal. (grifou-se).
Entretanto, se a verba estiver sujeita ao controle do Tribunal de Contas da União, em decorrência da sua não incorporação ao erário municipal, a competência será da Justiça Federal, conforme consolidado na Súmula 208:Compete à Justiça Federal processar e julgar prefeito municipal por desvio de verba sujeita a prestação de constas perante órgão federal.
Nesse sentido, merece transcrição o seguinte trecho do HC 62998 / RO DJ 12.03.2007 (STJ):
"Na linha do entendimento inserto nos enunciados n. 208 e 209 da Súmula deste STJ, compete à Justiça Federal processar e julgar crimes de desvio de verbas oriundas de órgãos federais, sujeitas ao controle do Tribunal de Contas da União e não incorporadas ao patrimônio do Município".
Fonte: http://ww3.lfg.com.br/public_html/article.php?story=20080917150757122