a) bin: Este diretório contém os arquivos binários executáveis, necessários para a execução do servidor.
b) conf: Contém arquivos de configuração. Dentre os vários arquivos neste diretório, os mais importantes são server.xml, tomcat-users.xml e web.xml. O arquivo server.xml é o arquivo de configuração principal do Tomcat. É usado para configurar logs, conexões com outros servidores, a porta e host na qual o servidor está sendo executado e o local dos arquivos de cada aplicação web. O arquivo tomcat-users.xml é a base de dados padrão para a autenticação de usuários. Se um dia você esquecer a senha que você definiu na hora da instalação do Tomcat, é só abrir este arquivo e recuperá-la. O nome e local deste arquivo pode ser alterado no arquivo server.xml. O arquivo web.xml é o descritor de instalação (deployment) padrão para todas as aplicações web. O Tomcat processa este arquivo antes de processar os arquivos web.xml das aplicações web sendo instaladas.
c) logs: O diretório logs é o local padrão para os arquivos de logs.
d) webapps: Diretório padrão para a instalação de aplicações web no Tomcat.
e) work: Este diretório é onde o Tomcat coloca o código da página JSP depois que este é convertido em um Servlet. Uma vez que uma página JSP é visitada pela primeira vez, o Tomcat armazenará o código compilado neste diretório também.
[1] http://www.arquivodecodigos.net/arquivo/tutoriais/tomcat/usando7.php