Existem três tipos de seleção natural:
Seleção direcional: Favorece um único fenótipo e nesse tipo de seleção o alelo mais vantajoso aumenta de freqüência, ao longo das gerações a seleção direcional age sobre fenótipos homozigotos. O alelo não tem que ser necessariamente dominante, o alelo recessivo também poderá ser fixado na população. Esse tipo de seleção ocorre freqüentemente em mudanças ambientais e quando ocorre migração de populações para novas áreas que possuem diferentes pressões ambientais.
Seleção estabilizadora ou seleção purificante: é um tipo de seleção natural em que a diversidade genética diminui quando a população estabiliza num valor de determinada característica em particular. Dito de outra maneira, valores extremos da característica são reduzidos.
Seleção disruptiva: é um tipo de seleção natural que simultaneamente favorece os indivíduos nos extremos da distribuição normal. Quando este processo opera, os indivíduos nos extremos da distribuição (em menor quantidade) tendem a produzir maior descendência do que aqueles no centro da distribuição.