Não encontrei a descrição das desvantagens do sistema de registro de preços no livro "Direito Administrativo Descomplicado" de Marcelo Alexandrino e Vicente Paulo e nem o Dênis Pereira citou a fonte do seu comentário.
De qualquer forma, encontrei um documento interessante que cita as desvantagens e a fonte:
"As desvantagens do sistema de registro de preços, implicam em mudanças na cultura organizacional, tendo como principais argumentos, os descritos abaixo:
'A complexibilidade da concorrência; a necessidade de alocar os recursos humanos para atualizar tabelas; a impossibilidade de prever todos os itens a serem adquiridos; a facilidade na formação de cartéis. JACOBY FERNANDES (p.96, 2008).'"
Fonte: http://www.consad.org.br/sites/1500/1504/00001913.pdf
III Congresso Consad de Gestão Pública - O Sistema de Gestão de Registro de Preços do Governo do Estado do Ceará - Soraya Quixadá Bezerra
Vantagens
Redução do número de licitações a serem realizadas pela administração.
Produção de ganhos econômicos pela ampliação da escala de fornecimento.
Utilização por outros órgãos da administração que não apenas o licitante, o que tende a promover a redução dos preços.
Possibilidade de solução para o atendimento de necessidades variáveis.
Desvantagens
Possibilidade de perdas de economia de escala;
Estabelecimento de quantitativos mínimos e máximos por fornecimento;
Ganhos de escala advindos da conjugação de necessidades diversas em uma única licitação;
Prática de um preço médio – o preço total obtido seria inferior se a administração se valesse de uma licitação única, fixando os quantitativos exatos que pretende adquirir;
Desatualização dos dados;
Existência de única solução com resultado disponível para uma pluralidade de contratações futuras;
Risco de variações nos preços de mercado e da qualidade dos produtos.
http://www.cespe.unb.br/concursos/anatel_14/arquivos/PadraoResposta_ANATEL_CARGO_001_definitivo.pdf