Complementando apenas o comentário da Lorrayne. No mesmo link do portal do TCU existem alguns exemplos de combinações possíveis da classificação da subfunção com a função, achei bem mais fácil entender com estes exemplos.
A função “Encargos Especiais” engloba as despesas em relação às quais NÃO SE POSSA associar um bem ou serviço a ser gerado no processo produtivo corrente, tais como: dívidas, ressarcimentos, indenizações e outras afins, representando, portanto, uma agregação neutra.
No caso da função “Encargos Especiais” os programas corresponderão a um código vazio, do tipo “0###”.
Subfunção
A subfunção representa uma partição da função, visando agregar determinado subconjunto de despesas do setor público. Na nova classificação a subfunção identifica a natureza básica das ações que se aglutinam em torno das funções.
As subfunções PODERÃO SER COMBINADAS com funções diferentes daquelas a que estão relacionadas, segundo a Portaria n.º 42.
Assim a classificação funcional será efetuada por intermédio da relação da ação (projeto, atividade ou operação especial) com a subfunção e a função. A partir da ação, classifica-se a despesa de acordo com a especificidade de seu conteúdo e produto, em uma subfunção, independente de sua relação institucional. Em seguida será feita a associação com a função, associação esta voltada à área de atuação característica do órgão/ unidade em que as despesas estão sendo efetuadas.
Exemplo 1: uma atividade de pesquisa na FIOCRUZ do Ministério da Saúde deve ser classificada – de acordo com sua característica – na subfunção n.° 571 “Desenvolvimento Científico” e na função n.° 10 “Saúde”.
Exemplo 2: um projeto de treinamento de servidores no Ministério dos Transportes será classificado na subfunção n.° 128 “Formação de Recursos Humanos” e na função n.° 26 “Transportes”.
Exemplo 3: uma operação especial de financiamento da produção que contribui para um determinado programa proposto para o Ministério da Agricultura será classificada na subfunção n.° 846 “Outros Encargos Especiais” e na função n.° 20 “Agricultura”.