Art. 3º A ANTAQ tem por finalidades:
I - implementar, em sua esfera de atuação, as políticas formuladas pelo Conselho Nacional de Integração de Políticas de Transporte, pelo Ministério dos Transportes e pela Secretaria de Portos da Presidência da República – SEP/PR, segundo os princípios e diretrizes estabelecidos na Lei nº 10.233, de 2001; e
II - regular, supervisionar e fiscalizar as atividades de prestação de serviços de transportes aquaviários e de exploração da infraestrutura portuária e aquaviária, exercida por terceiros, com vistas a:
a) garantir a movimentação de pessoas e bens, em cumprimento a padrões de serviço adequado relativos aos atributos de atualidade, conforto, continuidade, cortesia, eficiência, generalidade, higiene, modicidade tarifária, pontualidade, sustentabilidade ambiental, regularidade e segurança;
b) harmonizar os interesses dos usuários com os das empresas concessionárias, permissionárias, autorizatárias e arrendatárias, e de entidades delegadas, preservando o interesse público; e
c) arbitrar conflitos de interesse e impedir situações que configurem competição imperfeita ou infração da ordem econômica.
http://www.antaq.gov.br/portal/pdfSistema/Publicacao/0000006716.pdf
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"b) Regular, supervisionar e fiscalizar as atividades de prestação de serviços de transporte aquaviário e de exploração da infraestrutura portuária e aquaviária, exercida por terceiros, com vistas ao exercício de função de controle interno, no âmbito das atividades de autotutela, objetivando o perfeito atendimento, com eficiência e qualidade o interesse público primário."
As agências até podem exercer o controle interno das próprias atividades (autotutela). Entretanto, em relação a regulação de terceiros, seria um ato de controle externo do prestador de serviço.