O método da árvore de causas baseia-se na Teoria de Sistemas, a qual aborda o acidente de trabalho como um fenômeno complexo, com diversas causas e que revela as variações e desvios ocorridos em uma organização, considerada como um sistema aberto. Sua aplicação exige reconstrução detalhada e com a maior precisão possível da história do acidente, registrando-se apenas fatos, também denominados fatores de acidente, sem emissão de juízos de valor e sem interpretações, para, retrospectivamente, a partir da lesão sofrida pelo acidentado, identificar a rede de fatores que levaram ao acidente do trabalho.
O método utiliza o conceito de variação, entendida como mudança ocorrida em relação ao funcionamento habitual do sistema de trabalho, considerada indispensável à ocorrência do evento indesejado. Se bem aplicada, deve apontar todas a falhas que antecederam ao evento final (lesão ou não).