A doutrina majoritária define que os órgãos independentes - definidos pela Constituição Federal e representativos de poder - são órgãos primários, pois situam-se no topo da estrutura orgânica. Ex: presidência da república, Superior Tribunal Eleitoral, STF,etc.
Os demais órgãos seriam classificados em:
Independentes - subordinados diretamente à cúpula da Administração, exercem função de planejamento (Ex: ministérios).
Superiores - exercem função de direção, controle. (Ex: gabinetes,coordenadorias)
Subordinados - exercem funções de rotina (Ex: portarias, seções de expediente)
Fontes:
http://www.jurisway.org.br/v2/dhall.asp?id_dh=7166
http://www.tudosobreconcursos.com/materiais/direito-administrativo/personalidade-juridica-do-estado