A carcinicultura demanda instalação de piscinas artificiais, com a consequente supressão da vegetação nativa dos manguezais. O impacto imediato é sentido em curto, médio e longo prazos, pois por tratar-se de intervenção agressiva (extirpação da vegetação até a raiz, o que impede a regeneração da mesma), afeta-se o equilíbrio biótico das demais espécies habitantes, tais como alevinos de peixes e crustáceos, bem como retira-se uma barreira natural às altas marés, podendo ocasionar impactos nas populações humanas próximas. Além disto, os efluentes dos viveiros provoca a contaminação das águas por fungicidas. Outro problema é a salinização dos lençois freáticos, impossibilitando o consumo por parte das populações ribeirinhas. Além da salinização dos lençois freáticos ocorre também a salinização do solo nos arredores das fazendas, impossibilitando a agricultura nesses locais.
Outro aspecto, de caráter social, refere-se ao impacto de tais práticas econômicas junto às populações que tradicionalmente sobrevivem dos recursos do mangue. Uma vez que a seletividade por regiões mais ricas em recursos naturais é visada para o bom sustento do empreendimento, entra-se em conflito com os extrativistas preexistentes, que por encontrarem no mangue seu sustento, dominam conhecimentos práticos acerca do mesmo, entendendo sua dinâmica e características. Tais situações têm ocasionado protestos e até mesmo mortes (para maiores referências pesquisar Declaração de Choluteca; ações Greenpeace carcinicultura; Martinez Alier)Os comflitos sociais entre carcinicultores e comunidades tradicionais são comuns. Os primeiros buscam o lucro e o crescimento a qualquer custo, as comunidades por sua vez querem apenas preservar os manguezais para assim obter sempre o seu sustento, mantendo uma relação harmoniosa com o manguezal.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Carcinicultura