Do conceito de conectividade, ou seja, da ligação das manchas via corredores, extrai-se ainda a noção da matriz. Como numa visão de fragmentos embebidos em uma massa, a matriz de uma paisagem pode ser definida como o seu elemento mais extensivo e conectado e que possui o papel preponderante no funcionamento da paisagem (FORMAN; GODRON, 1986). Segundo estes autores, a distinção entre as manchas e a matriz de uma paisagem consiste num grande desafio a um estudo de Ecologia de Paisagem. Além de ter uma área bem mais extensa e com limites côncavos envolventes a outros elementos, a matriz também pode ser caracterizada pela sua maior conectividade e pelo seu controle preponderante no fluxo de energia e na dinâmica da paisagem, como nos exemplos do calor do deserto permeando e ressecando os oásis, e dos corredores de vegetação em torno de campos agrícolas ou pastagens, atuando como áreas fontes de sementes ao processo de regeneração florestal. Concluindo, se nenhum tipo de elemento de paisagem for predominante, o maior grau de conectividade indicará qual elemento corresponde à matriz. Ainda, se nenhum destes critérios forem observáveis, o papel dominante na dinâmica da paisagem determinará a matriz. As medidas básicas de uma matriz são o grau de porosidade e conectividade. A porosidade consiste na medida de densidade de manchas numa paisagem, como no exemplodo número de remanescentes florestais ao meio de áreas agrícolas.
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