Como as células procariontes não apresentam organelas membranosas, as mitocôndrias, relacionadas com o processo de respiração celular, estão ausentes. Assim sendo, as moléculas da cadeia respiratória em procariontes estão presentes na membrana interna da membrana plasmática, e não nas mitocôndrias.
As células procariontes não apresentam também citoesqueleto, uma espécie de rede formada por filamentos proteicos. A ausência de citoesqueleto impede a realização dos processos de endocitose e exocitose, uma vez que é essa rede que garante a movimentação das vesículas.
Nas células procariontes, pode haver ainda uma parede celular rica em peptidoglicanos e a presença de fímbrias, pequenos prolongamentos filamentosos. A função das fímbrias é garantir a fixação da célula procarionte na célula hospedeira e ajudar no processo de conjugação.
Poucos organismos possuem células procariontes. Atualmente essas células podem ser encontradas apenas em bactérias e algas azuis, também conhecidas como cianobactérias.Todos os outros organismos, tais como protozoários, fungos, plantas e animais, possuem células do tipo eucarionte.
A principal diferença entre uma célula procarionte e eucarionte é o envoltório nuclear, presente apenas nas eucariontes. Essas últimas células também se diferenciam por apresentarem citoesqueleto e organelas celulares membranosas, além de não apresentarem plasmídeos nem fímbrias.
Vale destacar que na célula procarionte não há a presença de organelas membranosas. Isso significa que não são encontradas estruturas como mitocôndrias, retículos endoplasmáticos, complexo golgiense e vacúolos.