É exatamente o contrário. Não se pode afastar a responsabilidade de pagamento de indenização pelo simples fato de o empregador desconhecer o estado gravídico da empregada, sob pena de caírmos em uma situação contrária aos princípios de proteção ao trabalhador. Ademais, até mesmo para que se efetive essa proteção ao trabalhador é preciso que as condutas estejam pautadas em requisitos objetivos, de forma que se possa extrair delas a verdade dos fatos, através dos quais o Juiz decidirá o caso concreto. Logo, caso o requisito subjetivo "saber ou não saber" fosse elemento determinante para a concessão de pagamento de indenização por parte do empregador seria extremamente difícil para o empegado provar a ciência por parte do empregador.
Ademais, o entendimento já é consolidado e sumulado pelo TST na súmula 244.
Bons estudos.