Sobre os indicadores das condições higiênicas dos alimentos, tem-se:
I. Alguns microrganismos indicam as condições higiênico-sanitárias de alimentos, instalações e até mesmo de manipuladores. Os principais indicadores higiênicos são Escherichia coli, Coliformes, Grupo D de Lancefield, Streptococcus e Enterococcus.
II. A presença de Escherichia coli indica contaminação fecal, além de prever a existência de outros microrganismos patogênicos em consequência da precariedade das condições de higiene; é comum detectá-la sob as unhas dos manipuladores de alimentos.
III. A presença de Coliformes fecais indica processamento inadequado, contaminação por outras fontes que não a fecal e ainda a presença de bactérias patogênicas como Salmonella, Shiguella, etc.
IV. A presença de Escherichia coli indica que há contaminação fecal.
V. O Grupo D de Lancefield, Streptococcus e Enterococcus, quando presente, indica más condições higiênicas, ausência de higienização e contaminação por manipuladores (no caso de presença de Staphylococcus aureus). A presença de Streptococcus salivarius indica contaminação por pelos de animais.