Os procedimentos a serem adotados quando da utilização da ficha de protocolo manual são:
A 1ª via será arquivada em ordem numérica-cronológica (número de processo e ano de autuação), a 2ª via em ordem alfabética (pessoa física ou jurídica) e a 3ª via por código.
Recomenda-se que os documentos deverão ser distribuídos às unidades administrativas destinatárias acompanhados de uma guia de encaminhamento, elaborada em 2 vias.
Para que o serviço responsável pelas atividades de protocolo proceda a atualização dos dados, tenha controle da movimentação dos documentos e possa prestar informações sobre a localização dos mesmos, faz-se necessário que as unidades administrativas do órgão enviem, diariamente, a este serviço, as 1ª vias das guias de encaminhamento ou se for o caso, registrem a informação no sistema.