Dhionatan, acredito que no caso em tela, trata-se de Peculato e não apropriação indébita como você destacou.
Peculato
Art. 303. Apropriar-se de dinheiro, valor ou qualquer outro bem móvel, público ou particular, de que tem a posse ou detenção, em razão do cargo ou comissão, ou desviá-lo em proveito próprio ou alheio:
Pena - reclusão, de três a quinze anos.
Fontes de Direito Judiciário Militar
Art. 1º O processo penal militar reger-se-á pelas normas contidas neste Código, assim em tempo de paz como em tempo de guerra, salvo legislação especial que lhe for estritamente aplicável.
Divergência de normas
§ 1º Nos casos concretos, se houver divergência entre essas normas e as de convenção ou tratado de que o Brasil seja signatário, prevalecerão as últimas.
(Prevalece os tratados internacionais)
Aplicação subsidiária
(Soldado reserva)
§ 2º Aplicam-se, subsidiariamente, as normas deste Código aos processos regulados em leis especiais.
Interpretação literal
Art. 2º A lei de processo penal militar deve ser interpretada no sentido literal de suas expressões. Os termos técnicos a de ser entendidos em sua acepção especial, salvo se evidentemente empregados com outra significação.
Interpretação extensiva ou restritiva
§ 1º Admitir-se-á a interpretação extensiva ou a interpretação restritiva, quando for manifesto, no primeiro caso, que a expressão da lei é mais estrita e, no segundo, que é mais ampla, do que sua intenção.
Casos de inadmissibilidade de interpretação não literal
§ 2º Não é, porém, admissível qualquer dessas interpretações, quando:
a) cercear a defesa pessoal do acusado
b) prejudicar ou alterar o que curso normal do processo, ou lhe desvirtuar a natureza
c) desfigurar de plano os fundamentos da acusação que deram origem ao processo
Suprimento dos casos omissos
Art. 3º Os casos omissos neste Código serão supridos:
a) pela legislação de processo penal comum, quando aplicável ao caso concreto e sem prejuízo da índole do processo penal militar
b) pela jurisprudência
c) pelos usos e costumes militares
d) pelos princípios gerais de Direito
e) pela analogia