O método da fosfatase alcalina-antifosfatase alcalina (APAAP) tem três aplicações principais,
isto é, serve para marcar tecidos com altos níveis de peroxidase endógena, para dupla
imunomarcação aliada à peroxidase e para imunomarcação de tipos celulares específicos
que se beneficiam da cor vermelha resultante da atividade enzimática sobre o substrato.