Em função da ação seletiva dos inibidores de recaptação da serotonina, os mesmos apresentam perfil mais tolerável de efeitos colaterais, existindo também diferenças entre os principais efeitos colaterais dos diferentes ISRSs. De forma geral, os efeitos colaterais mais freqüentemente relatados são: gastrintestinais (náuseas, vômitos, dor abdominal, diarréia), psiquiátricos (agitação, ansiedade, insônia, ciclagem para mania, nervosismo), alterações do sono, fadiga, efeitos neurológicos (tremores, efeitos extrapiramidais), perda ou ganho de peso, disfunções sexuais, reações dermatológicas.
Os efeitos anticolinérgicos da paroxetina podem levar a maior incidência de obstipação intestinal em detrimento de diarréia; por outro lado, alguns estudos sugerem maior incidência de diarréia com a sertralina em relação à fluoxetina, e citalopram (Revista Brasileira de Psiquiatria - Psicofarmacologia de antidepressivos)