Alguns princípios regem a ação penal pública incondicionada:
a) Obrigatoriedade – Havendo indícios de autoria e prova da materialidade do delito, o membro do MP deve oferecer a denúncia, não podendo deixar de fazê-lo, pois não pode dispor da ação penal.
Atualmente esta regra está excepcionada pela previsão de transação penal nos Juizados especiais (Lei 9.099/95), que é hipótese na qual o titular da ação penal e o infrator transacionam, de forma a evitar o ajuizamento da demanda
b) Indisponibilidade – Uma vez ajuizada a ação penal pública, não pode seu titular dela desistir ou transigir, nos termos do art. 42 do CPP: Art. 42. O Ministério Público não poderá desistir da ação penal. Esta regra também está excepcionada pela previsão de transação penal e suspensão condicional do processo, que são institutos previstos na Lei dos Juizados Especiais (Lei 9.099/95).
c) Oficialidade – A ação penal pública será ajuizada por um órgão oficial, no caso, o MP. Entretanto, pode ocorrer de, transcorrido o prazo legal para que o MP ofereça a denúncia, este não o faça nem promova o arquivamento do IP, ou seja, fique inerte. Nesse caso, a lei prevê que o ofendido poderá promover ação penal privada subsidiária da pública
d) Divisibilidade – Havendo mais de um infrator (autor do crime), pode o MP ajuizar a demanda somente em face um ou alguns deles, reservando para os outros, o ajuizamento em momento posterior, de forma a conseguir mais tempo para reunir elementos de prova. Não nenhum óbice quanto a isso, e esta prática não configura preclusão para o MP, podendo aditar a denúncia posteriormente, a fim de incluir os demais autores do crime ou, ainda, promover outra ação penal em face dos outros autores do crime. (Essa característica, por si só, inviabiliza o arquivamento implícito)
Não vigora o princípio da indivisibilidade na ação penal pública. O Parquet é livre para formar sua convicção incluindo na increpação as pessoas que entenda terem praticados ilícitos penais, ou seja, mediante a constatação de indícios de autoria e materialidade, não se podendo falar em arquivamento implícito em relação a quem não foi denunciado.