A aplicação do lodo de esgoto tem sido recomendada em culturas perenes e anuais, em que as partes comestíveis dos alimentos não entrem em contato com o lodo, sendo usadas em reflorestamento, pastagens (CHAGAS, 2000).
Culturas destinadas a serem consumidas cruas como, por exemplo, hortaliças, não podem ser plantadas em locais na onde foi aplicado o lodo. Os milhos e as gramíneas (trigo, sorgo, cana) pelas suas características são as culturas mais recomendadas e as que dão melhores resultados quando a aplicação do lodo. Outras aplicações como em reflorestamento, fruticultura e recuperação de áreas degradadas são alternativas muito interessantes, dentro de critérios específicos enquanto a utilização (CHAGAS, 2000).
Microrganismos patogênicos são organismos capazes de causar doenças nos animais e aos homens por várias vias de infecção como a inalação, a ingestão e o contato dérmico. Os quatro maiores grupos de organismos patogênicos que afetam á saúde humana são as bactérias, protozoários, vírus e os helmintos, presentes no lodo conforme o quadro epidemiológico da comunidade local e do tipo de processo que o gera. Estes microrganismos podem ser também de procedência animal quando suas fezes são lançadas ou pela sua presença (i.e.: roedores e insetos), na rede de esgoto (CORREIA, 2009).
Existem vários métodos para eliminação dos microrganismos patogênicos do lodo: oxidação, baixa pressão, pasteurização, compostagem, desinfecção química, radiação, tratamento com elevação do pH, entre outros. Em pesquisas feitas no 29 Estado do Paraná, foram introduzidos dois métodos de higienização e estabilização do lodo, a calagem e a compostagem. A calagem tem como princípio a elevação do pH a níveis iguais ou superiores a 12, o que pára ou destrói maior parte dos microrganismos patogênicos do lodo. O princípio da compostagem é a eliminação ou diminuição dos microrganismos patogênicos pela elevação da temperatura obtida com o processo de biodegradação da matéria orgânica (ANDREOLLI; PEGORINI, 1998).
Sabe-se em que sua constituição, o lodo de esgoto apresenta uma quantidade significante de ovos de helmintos, sendo este um dos grandes problemas da utilização deste material sem um tratamento adequado. A remoção destes ovos é apontada como um grande problema ambiental, pois nenhum tratamento consegue total remoção deste microrganismo (PIANA, 2009).