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Embora o Simples Nacional seja a opção da maioria das pequenas empresas, nem sempre é a opção mais econômica, considerando particularidades do negócio.
Conforme o número de colaboradores, por exemplo, a definição pelo Lucro Presumido pode ser mais vantajosa.
Também é importante saber que não há direito ao crédito fiscal de IPI e ICMS, como ocorre em outros regimes tributários.
Esse pode ser um obstáculo para negociar com empresas maiores, que buscam justamente esse benefício para abatimento de impostos.
Outro ponto de atenção diz respeito à margem de lucro.
Como o Simples Nacional tem seus valores calculados sobre o faturamento e não sobre a receita líquida, isso significa que uma empresa pode ter prejuízo em determinado mês e ainda assim pagar impostos, que são calculados sobre a receita bruta auferida, portanto, sem descontar as despesas.
fonte: Conta azul Blog (não consigo enviar o link)