A auditoria classifica-se em:
I. Auditoria de Avaliação da Gestão: esse tipo de auditoria objetiva emitir opinião com vistas a certificar a regularidade das contas, verificar a execução de contratos, acordos, convênios ou ajustes, a probidade na aplicação dos dinheiros públicos e na guarda ou administração de valores e outros bens da União ou a ela confiados.
II. Auditoria de Acompanhamento da Gestão: realizada ao longo dos processos de gestão, com o objetivo de se atuar em tempo real sobre os atos efetivos e os efeitos potenciais positivos e negativos de uma unidade ou entidade federal, evidenciando melhorias e economias existentes no processo ou prevenindo gargalos ao desempenho da sua missão institucional.
III. Auditoria Contábil: compreende o exame dos registros e documentos e na coleta de informações e confirmações, mediante procedimentos específicos, pertinentes ao controle do patrimônio de uma unidade, entidade ou projeto. Objetivam obter elementos comprobatórios suficientes que permitam opinar se os registros contábeis foram efetuados de acordo com os princípios fundamentais de contabilidade e se as demonstrações deles originárias refletem, adequadamente, em seus aspectos mais relevantes, a situação econômico-financeira do patrimônio, os resultados do período administrativo examinado e as demais situações nelas demonstradas.
IV. Auditoria Operacional: consiste em avaliar as ações gerenciais e os procedimentos relacionados ao processo operacional, ou parte dele, das unidades ou entidades da administração pública federal, programas de governo, projetos, atividades, ou segmentos destes, com a finalidade de emitir uma opinião sobre a gestão quanto aos aspectos da eficiência, eficácia e economicidade, procurando auxiliar a administração na gerência e nos resultados, por meio de recomendações, que visem aprimorar os procedimentos, melhorar os controles e aumentar a responsabilidade gerencial. Este tipo de procedimento auditorial, consiste numa atividade de assessoramento ao gestor público, com vistas a aprimorar as práticas dos atos e fatos administrativos, sendo desenvolvida de forma tempestiva no contexto do setor público, atuando sobre a gestão, seus programas governamentais e sistemas informatizados.
V. Auditoria Especial: objetiva o exame de fatos ou situações consideradas relevantes, de natureza incomum ou extraordinária, sendo realizadas para atender determinação expressa de autoridade competente. Classifica-se nesse tipo os demais trabalhos auditoriais não inseridos em outras classes de atividades.