Luiz Fernando,
Primeiro, Canotilho é um doutrinador português, que comenta, em regra, os ditames da constituição portuguêsa.
Deve-se tomar cautela ao ler suas obras. Porém, esclareço ao senhor que Canotilho não menciona que princípios são fundamentos de alguma Nação ou Estado, mas sim "a síntese ou matrizes de todas as restantes normas constitucionais, que a aquelas podem ser direta ou indiretamente reconduzidas". (grifo meu)
Uma coisa é uma coisa, outra coisa é outra coisa, completamente diferente desta.
Ademais, a separação dos poderes, de fato, não é um fundamento da constituição da república federativa do Brasil de 1988, uma vez que a própia CRFB/88, no seu artigo 1ª, nada aduz sobre.
Ou seja, ainda que fundamento seja, para o dicionário Houaiss, sinônimo de conjunto de princípios basilares, a CRFB de 1988, no que tange os seus fundamentos ou "conjunto de princípios basilares", trouxe um rol taxativo, não incluindo a separação dos poderes, que nada mais é do que um princípio constitucional isolado relevante.
A separação dos poderes foi tratado como cláusula pétrea, conforme a exegese do art. 60, §4ª da Constituição brasileira, e não como fundamento da Repúblia Federativa do Brasil de 1988.