As agências reguladoras que são dotadas de autonomia política, financeira, normativa e de gestão, adotaram o modelo de formar conselhos compostos por profissionais altamente especializados em suas áreas, com independência em relação ao Estado, e com poderes de mediação, arbitragem e de traçar diretrizes e normas, com o objetivo de adaptar os contratos de longo prazo realizados a eventuais acontecimentos imprevisíveis no ato de sua lavratura.
A criação das agências especializadas vem ocorrendo nas esferas federais e estaduais, sendo a primeira formada com o objetivo de regular os serviços de rede de larga escala e os de interesse nacional e a segunda competente para regular todos os serviços concedidos ou permitidos pelos estados membros e municípios, para a melhor adaptação às realidades regionais.
A autonomia e independência concedidas às agências reguladoras são fundamentais para que a mesma possa exercer adequadamente suas funções, vez que o maior bem jurídico sob tutela é o interesse comum, não podendo estar sujeita às constantes intempéries políticas.
Contudo, embora as agências reguladoras gozem de autonomia política, estrutural e financeira, alas permanecem sujeitas ao crivo do Poder Judiciário, pois em respeito ao princípio da jurisdição una, todo ente público ou privado que se sentir lesionado em seu direito, ou tê-lo ameaçado, poderá socorrer-se ao judiciário, para que suas alegações e direitos sejam juridicamente apreciados
A grande diferença entre as autarquias comuns e as agências reguladoras está na independência em relação ao ente que a criou, sendo as agências reguladoras dotadas de maior autonomia.
Outra diferença entre os dois institutos está nos seus dirigentes. Explica-se, os dirigentes das agências reguladoras são nomeados pelo Presidente da República após aprovação pelo Senado Federal, já as autarquias comuns não dependem dessa aprovação.
Além disso, esses dirigentes possuem mandatos fixos e só podem ser dispensados mediante processo administrativo disciplinar, renúncia ou condenação judicial transitada em julgado.
Portanto, cada agência, em seu regulamento, disciplina o prazo certo de seus dirigentes. Entretanto, o mandato não pode ultrapassar a legislatura do Presidente, pois, engessaria o futuro governante. Quanto a isso, cada agência disciplina formas de evitar a coincidência de mandatos.