O TSE tem ação conjunta com os tribunais regionais eleitorais (TREs), que são os responsáveis diretos pela administração do processo eleitoral nos estados e nos municípios.
A Corte é composta por sete ministros e renova-se a cada dois anos. Três ministros são originários do Supremo Tribunal Federal, dois do Superior Tribunal de Justiça e dois representantes da classe dos juristas - advogados com notável saber jurídico e idoneidade.
A rotatividade dos juízes no âmbito da Justiça Eleitoral objetiva manter o caráter apolítico dos tribunais, de modo a garantir a isonomia nas eleições.
O TSE é presidido por um ministro oriundo do Supremo Tribunal Federal (STF). Atualmente, a Ministra Cármen Lúcia Antunes Rocha preside a Corte.
A Vice-Presidência do Tribunal também fica a cargo de um dos ministros do STF. O posto é hoje ocupado pelo Ministro Marco Aurélio Mendes de Farias Mello.
A Corregedoria-Geral Eleitoral é exercida por um dos ministros do Superior Tribunal de Justiça (STJ). Atualmente é ocupada pela Ministra Fátima Nancy Andrighi.
Vinculada à Presidência da Corte estão a Secretaria-Geral da Presidência, que conta com quatro assessorias, e a Secretaria do Tribunal, que dispõe de quatro assessorias e oito secretarias.
Há também a Escola Judiciária Eleitoral, cujo objetivo é realizar a formação, a atualização e a especialização continuada ou eventual de magistrados da Justiça Eleitoral e de interessados em Direito Eleitoral, que são indicados por órgãos públicos e entidades públicas e privadas.