A diferença entre as estruturas secundária e terciária é muito clara. Enquanto que a secundária se deve às pontes de hidrogênio estabelecidas entre aminoácidos relativamente próximos entre si, a terciária se deve às interações entre os grupos laterais - frequentemente entre aminoácidos situados a certa distância na estrutura primária.
A estrutura terciária responde pela estrutura tridimensional total das proteínas, não sendo totalmente rígida.
Por fim, a estrutura quaternária refere-se ao arranjo espacial resultante da união de duas ou mais cadeias peptídicas (cada qual com estrutura primária, secundária e terciária) formando uma proteína. Ocorrem interações hidrofóbicas (sobretudo), mas não ocorrem ligações covalentes.
Exemplos de proteínas com estrutura quaternária: insulina, quimiotripsina e hemoglobina.