A exploração da árvore do pau-brasil veio a ser a primeira atividade econômica empreendida pelos portugueses em território brasileiro. Sua extração foi fácil, pois o pau-brasil estava localizado em florestas adjacentes ao litoral e havia um intercâmbio permanente com os índios, que talhavam e conduziam as toras em troca de mercadorias européias banais, tais como facões, machados, espelhos, panos, entre outras coisas.
O pau-brasil só poderia ser retirado de nossas matas se houvesse uma autorização preliminar da Coroa Portuguesa e o acerto das taxas era estipulado por esta. O primeiro a usufruir dessa concessão, em 1501, foi Fernando de Noronha, o qual tinha como sócios vários comerciantes judeus, porém, em troca desta permissão, tinham por obrigação enviar embarcações à nova terra, encontrar pelo menos trezentas léguas de costa, pagar uma quantia pré -estipulada à Coroa e também edificar e conservar as fortificações, mantendo assim a segurança do novo território tão almejado pelos invasores.
Era proibido aos colonos explorar ou queimar a madeira corante. Os espanhóis, por apreço ao que dizia o Tratado de Tordesilhas, retiraram-se do litoral brasileiro, ao contrário dos piratas franceses que, ignorando tal tratado, passaram a extrair a madeira ilicitamente, inclusive lançando fogo na parte inferior do tronco, causando muitos incêndios, o que veio a provocar sérios prejuízos à mata. O fim do ciclo econômico do Pau-Brasil ocorreu no século 19, pela enorme carência da espécie nas matas e pela descoberta de um corante não natural correlativo.
No ano de 1530, em alguns locais litorâneos, o pau-brasil já é insuficiente, apesar do Brasil ter mantido a exportação da madeira até o início do século XIX. A exploração era tosca, destruindo boa parte de nossas florestas. Do início de seu tráfico restou somente 3% de Floresta Atlântica e, por conseqüência, convivemos até hoje com o desmatamento indiscriminado que coloca em perigo nossa biodiversidade. (Veja Desmatamento da Mata Atlântica)
- O pau-brasil era considerado extinto, quando em 1928 verificou-se a existência de uma árvore de pau-brasil em um lugar denominado Engenho São Bento, hoje Estação Ecológica da Tapacurá, pertencente à Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRP).