Complementado o raciocínio com Base no que diz no SIAFI.
http://manualsiafi.tesouro.fazenda.gov.br/020000/020300/020332
Modalidade de Aplicação - Operações de Natureza Intragovernamental
13. A modalidade de aplicação tem por finalidade indicar se os recursos são aplicados diretamente por órgãos ou entidades no âmbito da mesma esfera de Governo ou indiretamente por outro ente da Federação e suas respectivas entidades.
14. Os recursos serão aplicados diretamente pela unidade detentora do crédito orçamentário ou por descentralização do crédito por outro órgão ou entidade integrantes dos Orçamentos Fiscal ou Seguridade Social.
15. Os recursos serão aplicados indiretamente, mediante transferência ou delegação. A delegação poderá ser feita a outros entes da Federação ou consórcios públicos para a aplicação de recursos em ações de responsabilidade exclusiva da União que impliquem preservação ou acréscimo no valor de bens públicos federais.
16. A modalidade de aplicação permite a eliminação de dupla contagem no orçamento.
17. Quando os recursos forem aplicados diretamente mediante a descentralização de crédito, a unidade orçamentária poderá alterar a modalidade de aplicação diretamente no SIAFI, antes da emissão do empenho, exceto quando houver redução das dotações incluídas pelo Congresso Nacional. Nesse caso deverão ser autorizados por meio de Portaria do dirigente máximo de cada órgão a que estiver subordinada ou vinculada a unidade orçamentária.
18. Observa-se que o termo “transferências”, utilizado no art. 16 e 21 da Lei nº 4.320/1964, compreende as subvenções, auxílios e contribuições que atualmente são identificados em nível de elementos na classificação da natureza da despesa. Não se confundem com as transferências de recursos financeiros, representadas pelas modalidades de aplicação.